明治36年、父・量が腸チフスにかかり55歳で亡くなりました。このとき純は東京帝国大学理科大学の2年生でした。

東京帝大理科大学理論物理学科卒業後は大学院に進み、長岡半太郎博士の下で学びました。

　明治40年、26歳のとき大学同期の友人・橋元昌矣（はしもとまさお）の姉・いつと結婚しました。陸軍砲工学校に教師として勤務しながら、アインシュタインの相対性理論や量子論についての研究をしました。