石原純は明治14年(1881年)、1月15日、東京市本郷で生まれました。父・量（ひとし）は本郷教会の牧師でした。母・ちせは病のため純が6歳のときに亡くなり、その後母代わりだった祖母も４年後には亡くなってしまいました。

　兄弟は１つ違いの弟・謙と４つ違いの妹・つゆがいました。

　小学校高等科を経て、郁文館中学校を卒業したあと、18歳のとき、第一高等学校理科に合格、入学しました。父はある事情で牧師を続けることができなくなったため、経済的には裕福ではありませんでした。